时至今日，铁道部仍然维持了以高度集中、大动脉和半军事化为特点的运营管理体制。铁道部每年年初与各铁路局签订年度计划，并根据计划的完成情况进行奖惩。同时，铁道部还力图严格控制铁路系统的所有财务关系，控制着几乎所有建设项目的投资决策权，使得各基层铁路局的经营热情受到了极大影响。
在郑州时，记者曾问一位铁路局官员：“郑州铁路局被拆分了，那么以前着眼于全铁路局的投资岂不都浪费了？”他的回答是：“这些全都是铁道部的财产，在哪儿都是用，无所谓浪费。”每年都签的年度计划无异于“鞭打快牛”，迫使各铁路局低报自己可以完成的任务量。财务收支两条线，使得生产部门只管运输生产，不考虑节约成本；作为基本清算单位的铁路局则借助不清晰的成本，为摆脱铁道部的监督，谋取自身利益创造条件。
“铁道部到了非改不可的时候了！”文力激烈用“庆父不死，鲁难未已”来评价这个计划体制遗留下的庞然大物，“它政企不分，外资民营都不敢进来，使得铁路建设投资严重不足。相对于诸如电信、电力这样的行业，整个铁道系统至今没有一份详细可操作的改革方案——铁道部利用了自身的信息优势向决策层夸大铁路改革可能引发的后果。”
据说，每次出席铁路系统年度总结会时，到会的国务院相关领导一般会以“对铁路，我是外行”开头。但“外行”也明白政企不分是铁路系统问题的主要根源。早有学者提出，中国铁路改革需要充分论证、仔细设计，但最需要拆分和撤销的是铁道部。
