继2005年6月的审计风暴之后，2006年3月29日，国家审计署再次公布了华融、长城、东方、信达四家资产管理公司1999-2003年度资产负债损益审计结果，审计发现四家AMC公司违规和不规范不合理处置不良资产272.15亿元。
中国社会科学院财贸所副所长何德旭2005年7月完成的一次对资产管理公司办事处的调查发现，“尽职尽责”问题几乎在不良资产处置的每个环节都有突出表现：
1、资产管理公司在及时中断债权时效方面不能做到万无一失；
2、对债务人（包括保证人和抵押人）的逃债行为和商业性债转股企业不能做到有效监控；
3、缺乏对不良资产的分类整理和动态分析，日常管理中形成的工作记录、资料等信息不完整、不真实；
4、资产处置的前期调查工作不深入细致，具体的项目上不能结合实际情况科学选择和设计适用的处置方式；
5、缺乏通过信息披露来充分发现资产价格的意识；
6、资产处置方案制作不规范，存在着较为严重的道德风险，有些项目没有按照资产处置方案的审批结果严格执行，缺乏对分期收款计划和履约保证跟踪落实。
何德旭由此认为，由于不良资产处置方案的审批决策基本上是按照办事处项目经理反映的信息做出，加之不良资产项目数量多，金额巨大，情况非常复杂，如果办事处项目经理不真实反映项目情况，那么审批部门就很难做出正确的决策，也就无法实现资产回收价值的最大化。
对此，建设银行一位负责不良资产剥离的高层向《商务周刊》指出，多年来不良资产处置市场的二级批发以及交易市场都没有发展起来。他承认：“资产管理公司本来只是不良资产市场上的一个参与者，由于对资源的垄断，在中国他们就演变成了市场的一极，因而很容易形成合谋。”
2004年底，美国龙星(Lone Star)关闭了北京代表处，黯然退出中国不良资产处置市场，在之前两年半时间里，这家在国际上声名赫赫的不良资产管理公司在中国没有做成一笔业务。有分析人士认为，在中国金融界缺乏广泛人脉关系和缺少政府公关是其失败的主要原因。曾经有投行人士在采访中对记者透露，在洽谈不良资产的合作中，“与某资产管理公司关系很铁”是一个重要的谈判资本。
京华山一国际(香港)有限公司首席顾问刘梦熊更是对《商务周刊》坦言，由于不良资产的信息不对称，只要有利益集团与拍卖单位相勾结起来，在信息发布的时间和范围都可以存在不少猫腻，从而实现“自己人”共同竞标的目的。
2005年4月，原中国华融资产管理公司成都办事处总经理兼党委书记张桂林因“涉嫌徇私舞弊、低价折让出售国有资产”，被当地警方刑事拘留。公开信息表明，张桂林的亲属几乎垄断了所有环节，“策划”了将大量国有资产中饱私囊的“流水线”式操作流程。然而事发前，张桂林曾是四川金融系统的“一面旗帜”，因其对不良资产的处置速度之快在华融内部被称誉为“东有杭州，西有成都”。
对于外界指责，资产管理公司显得十分委屈。“公众并不了解不良资产处置的实际难题，虽然被认为有问题的不良贷款绝对数额大，但如果乘以一直比较低的折扣率，实际金额不大，但引起了社会的一种普遍心理，认为不良资产处置黑幕多。”一位资产管理公司工作人员对记者抱怨到。
“在四大AMC转型的当口，社会尤其敏感，但谁又真正了解我们的苦衷呢？”他甚至宣称，在外界压力下，AMC现在宁可把资产包的价格设得很高卖不出去，也不愿意背上卖低的罪名。
业内人士认为，尽管目前AMC的业务范围得以扩大，但被其认为的一些安身立命之本的业务并没有得到准许。在我国资产证券化市场远未充分发育、国债市场又竞争激烈的情况下，仅凭规模极小的商业性收购和委托代理处置不良资产业务以及投资一些国债，AMC的发展受到极大限制。为图自身的长远生存，AMC进行逆向选择、违规操作的行为难免会继续发生。
而在现行的AMC公司治理结构中，只设监事会，不设董事会，行政总裁为公司法定代表人。在对不良资产交易的监管上，我国实现的是混合型监管，即多家监管机构和政府部门都参与对资产公司的监管。其中财政部主要负责资产处置回收目标的制定与考核以及相关财务监督，在资产公司的资产收购和处置中起着主导作用；银监会负责对资产公司的行业监管，考核和任命资产公司经营领导班子；AMC公司监事会代表国务院，负责监督资产公司的资产质量及国有资产保值增值状况，对资产公司总裁等主要负责人的经营管理业绩进行评价，提出奖惩任免建议。同时，根据资产公司开展业务所涉及的领域，其他有关部委如证监会、国资委、审计署、人民银行等也都在各自的职能范围内对AMC的经营活动进行监管。
原信达资产管理公司总裁朱登山曾经表示，针对AMC的多头监管，造成了“没事的时候几个机构争着管，一旦出问题，资产管理公司找不到向上反映的渠道”的结果。有鉴于此，如何进一步完善AMC的公司治理机构，既保证其不良资产处置的效率，又防范公司的道德风险，显然成为AMC商业化转型中的首要任务。
