一航随即公布了自己对于发展大飞机项目的“一次立项、两个机型、军民统筹、系列发展”方针。有观察人士评论，该方针看似一航做出了妥协，但实际上一航是希望将大型运输机项目与大型客机项目“捆绑”在一起。
另外，在对方针的具体解释中，一航仍然坚持发展支线飞机是当务之急，还是要把正在进行的ARJ21新支线飞机“走到底，搞成功”，主张通过ARJ21的商业化运作，理解、把握和熟悉市场，在此基础上对150座以上大型客机的关键技术进行攻关和准备。
然而，由于本届政府对自主创新的坚定意志，为统一思想和意见，2006年，大飞机项目开始第二次立项论证。国务院总理温家宝批示，由科技部会商发改委、国防科工委和总装备部等部委，共同组建专家论证组。事实上，由极力主张尽快上马大飞机的科技部为主组织这次专家论证，已经代表了领导层对新一轮论证的指向，即由“要不要上大飞机”转为“大飞机该怎么做”的问题。
据《商务周刊》所知，第二轮专家论证组由近20位成员组成，其中科技部挑选的专家占多数，发改委、国防科工委和总装备部各提名了1—3位专家。尽管相关部委对名单中的部分论证专家存在争议，但最终获得高层批准。论证组专家包括一二航集团高层、经济学家、技术专家，以及来自用户方南方航空公司发展规划部门的代表和中国国际工程咨询公司的相关负责人。论证组由身为两院院士的歼8II总设计师顾诵芬、北京航空航天大学校长李未、原中国第二航空集团总经理张彦仲担任主任委员。
据透露，整个论证期间，中央对大飞机项目“抓得非常紧”，论证组每周要向国务院副秘书长汇报一次工作。从2006年7月中旬开始，各相关部委就开始进行实际方案的汇报。
经过论证组半年多的论证工作，国务院最终决定大飞机立项，大型运输机和大型客机同时上马；同时也同意组建大型客机股份公司，独立于一航和二航现有体系，以市场化方式运作大型客机项目。
大客机股份公司的方案尽管得到了专家论证组和中央决策层的认同，但消息公布后，在相关部门仍出现了一些不同意见。《商务周刊》调研中发现，意见比较突出的是：大型客机股份公司会不会分裂了原本就单薄的民机研发力量？同时上马会不会造成大运输机与大客机间资源挤占？自主研发大客机项目提出的国际合作如何保证不重蹈过去的怪圈？等等。
体制创新还是体制分裂？
“中央高层发展大飞机的意志非常坚定，不可能想着照顾哪个利益集团。基本上是按照一定时刻表做出大飞机的原则来设计方案，所以大飞机搞成功的希望还是很大的。”一位接近论证组的人士对记者透露，决策层已经意识到通过传统军机体制发展大型客机的难度，最终决定进行体制机制创新，按照尽快“干出大飞机”的原则来进行体制设置。
促使国家决定通过体制机制创新来发展大型客机的另一个重要因素，是中国新支线飞机项目的商业化项目公司——一航集团下属的中航商用飞机有限公司暴露出了一些问题。尽管该项目也采取商业化和市场化运作模式，但由于其在管理上受一航控制，项目开展时缺乏足够的自主权，总设计师频繁更换，一度造成严重的进度拖后。
但是，正如本刊3月5日发表的《大飞机项目潜行一年》一文中所披露，一航一位负责人曾明确表示过反对成立大飞机公司。近日，面对《商务周刊》的再次采访，他提出的最主要理由仍然是：“成立大客机公司是另起炉灶，将使有限的航空技术力量被人为分裂，造成军用运输机和民用客机都搞不出来的苦果。”
他分析说：“军用和民用是航空产业的两翼，必须军民一体化，互补发展。如果将军用航空与民用航空割裂开来，就分散了科研实力，造成两者都没有多大的生存空间。”据他介绍，目前中国最大的中国一航第一飞机设计研究院，西安总部和上海分院所有的技术人才加起来才1000多人，而空客A380的研发团队就有5000多人。
“即使保守估计，我国设计大型飞机估计需要3000人左右。”他说，“这一数字对于目前飞机设计人才，特别是大型飞机设计人才奇缺的中国航空业来说是个天文数字，更何况现有的1000多人还要打散。”
但另一位专家则反驳说：“在上海的大型客机股份公司研发团队的组建，完全可以借鉴当年‘运十’的模式，即从现有航空工业拉出来一支队伍，不光是从一航寻找技术人才，而是利用整个中国航空工业的研发资源。同时，中国再造大飞机，完全可以吸引一大批海外学子回国效力，目前越来越多在国外车厂有丰富经验甚至身居要位的中国人才涌入中国汽车工业自主创新的代表奇瑞、吉利，就是明证。”
“在一航和二航之外组建大飞机股份公司，航空技术人才只是在行政上被分裂了，但航空技术人才资源并没有流散，反而会因为资源的有效组合而迸发出更高的创造潜能。”他说，“只要国家的投资用在航空工业，航空工业都会受益。只有不走原来的体制，培育出一个新的体制来，按照这个新体制才能够让大型客机项目最终获得商业化成功。”
同时上马是潜在隐患？
中国航空工业发展研究中心研究员李广义接受《商务周刊》采访时认为，近20年来，世界航空工业军民品比例发生了根本的变化，从过去的以军品为主转变为现在的以民品为主。比如，欧盟大型民用飞机与军用飞机的销售收入大致是7:3，美国也大致是6:4。
“无论美国还是欧洲，大型飞机都是军民结合发展的。”他介绍说，军、民用飞机在技术发展和产业基础上有很大的共通性，可以共享大部分技术成果、设备、设施和高技能工人。从技术上看，军用飞机与民用飞机在关键技术、生产、试验和配套成品等方面的通用性约为70%。
他认为，“大客”和“大运”应统筹发展，这也可以规避WTO的反补贴风险。世界上几乎所有大型飞机厂商都是既发展干线飞机也发展大型军用运输机，既把由国家投资支持的大型军用飞机技术转移到干线飞机上，降低干线飞机的开发成本，也把干线飞机的技术转移到大型军用飞机的开发上，提高其运载效力和竞争能力。
