上市为搜狐带来资金的同时，也带来了资本的困扰。“面对华尔街和董事会的压力，我们当时做的主要是对赚钱的关注，而不是用户和产品本身。”张朝阳这样回忆1999、2000、2001三年困难时期。
这三年他时时事事都要考虑董事会的反应。“那个时候我们不可能走上技术驱动之路，我那时候是惊弓之鸟。”谈到上市前后那段日子，张朝阳每天考虑的问题是“如何走下去”，如何解决最棘手的问题生存下去，处于信任危机中的他每天逼迫自己从最担心的事情做起。“感觉自己是在危机中全速前进，好像是冲过一个火阵，要高速行驶，而不要被烧着。”张朝阳说。
很痛苦，但也许张朝阳喜欢。1986年，张朝阳考取了李政道奖学金去美国留学。在麻省理工学院读物理学博士学位时，张朝阳像大多数美国年轻人一样，渴望用酷赢得人们的目光：“当时我的梦想非常crazy，想做好莱坞明星。后来，我真的去广告公司拍了一个广告。我还梦想着能像迈克尔·杰克逊那样跳舞——跳那种自己发明的、别具一格的舞。”张朝阳这种疯狂的激情在公司的危机中也表现了出来。靠着这样的激情，他克服了种种困难，一直留在他所创建的搜狐。
张朝阳现在还记得，2001年，当时互联网领域很轰动的一件事是王志东被董事会解职。那时候，技术出身的王志东一直强调技术。“当时所有的投资人都不相信互联网，都认为是泡沫，都要找一个有经验的管理者。他们每个季度来给出财务的结果，别的都不重要。所以我们开董事会从来都没有讨论过产品的创新，或者是人才的储备。”张朝阳回忆说，“中国互联网患上了集体幼稚病。”
股东的眼光，很大一部分盯在流量上，一个网站能够吸引多少人流量，成为张朝阳的“心病”。为解决流量问题，上市后搜狐开始了一系列收购，2000年搜狐收购了ChinaRen，2003年又收购了焦点房产网和17173，建立门户矩阵。加上不断地内部业务开拓，搜狐的内容涵盖了从内容、社区、游戏、房产到无线、地图、搜索，阵容着实强大，但是所有这些业务都最终成为市场的追随。搜狐被称为老二公司。
甚至到了2004年时，张朝阳还受制于董事会。“当时公司的CFO是老外，我怕他告诉某个董事会的人说我上班不努力，所以我每天按点赶到公司，像一个CEO一样坐在办公室里面审批文件。”
2001年互联网的寒冬到来了，新浪和网易等门户网站都依靠游戏、SP业务侥幸度过。也为后来的赢利模式拓宽了道路。
搜狐也开始了彩信业务，到了2004年，张朝阳在接受国内媒体采访时曾说：“相信搜狐将在这个无线业务新的领域中成为主角。”不幸的是，搜狐这次还是被甩在了后面，搜狐在彩信方面的投入巨大，花费巨资选出来的搜狐彩信小姐不断出现在一些业务推广的场合。2004年，无线业务的增长也确实给搜狐带来了扩张效应，但也就在这一年，又一个大难关降临：搜狐的彩信业务被中国移动叫停了。2004年8月14日，“因搜狐公司的技术人员不仅未经许可进行群发操作，而且发送数量巨大，给中移动公司造成了一定的不良社会影响，同时还违规设置定制服务陷阱”，中国移动宣布停止和搜狐彩信业务合作一年。当时受罚的名单中也包括有新浪、网易等，而期望成为“主角”的搜狐是受罚最重的。违规发送事件之后，搜狐彩信业务大大缩水，2004年第三季度报告显示，其无线业务收入同比下降30%。占总收入的31%。
这对将彩信视为赢利重心的搜狐无疑是沉重打击。此时“搜狗”刚刚推出，尚未赢利；在即时通信市场上只有“跛脚”的搜Q；游戏市场上，一方面，缺乏自己的休闲娱乐游戏平台，网络游戏领域只有《刀剑》，也难堪赢利重任。但所幸搜狐并没有错过这一切新兴的利润点，被分析师所称呼的“老二战略”为公司提供了现金流。尽管难堪，但这些布局让张朝阳活到了能够独立思考的时候，而且，也为日后的发展打下了基础。
中期：技术推动
2005年是搜狐与张朝阳历史上的分界点。
2004年投资方的CFO离开公司，张朝阳感觉到被“解放”了：“在这种没有干扰的时候，我就想，现在公司到这个份上了，我要做什么事情才能让这个公司有竞争力？”
他也同时解放了自己。“华尔街通过董事会、通过股东来施压，导致我不能独立思考，受制于各种各样的限制，所以走了一些弯路。”张朝阳开始独立思考搜狐的未来。
“我潜心下去，真正本着如何让公司有竞争力，而不是关注我们在华尔街眼中是什么样的形象。我认为，技术和产品最重要，所以从2004年开始，我召开了技术研究会议，召集公司几个技术上比较牛的人，经常坐下来头脑风暴。我跟公司的那些人每两天都在讨论，形成一个我发起的无形产品小组。”张朝阳开始了搜狐新的征程。
2005年，搜狐股票没有太多利好的消息。“华尔街大概把搜狐给忘了，但我既要做一个伟大的公司，还要让自己活到150岁。”2005年8月，为了证明自己对搜狐业务的看好，张朝阳花400万美元增持搜狐股票28万股。而此时，他的互联网同行们几乎都在寻找机会抛售套现。
根据当年的《互联网周刊》报道，张朝阳用“很放松”来形容自己的状态。他每天只收两次邮件，大部分工作是与人沟通——“以前电子邮件中的各种消息或董事会的责难，会让人睡不好觉，而现在任何好消息、坏消息对我来说都是前进当中自然的过程。”该杂志形容当时的张朝阳“话语中透出一份从容”。
张朝阳的从容来自一件秘密武器：技术。就在这一年，搜狐开始回归技术。当然，一些苗头已经在早几年显现：3年前，搜狐在青云山庄的楼里秘密成立了一个研发中心。由于与其他的网络公司同在一栋楼办公，因此每次前往，张朝阳都会低着头快步走进去，甚至连办公室也不敢挂牌子，生怕竞争对手看出自己的端倪来。经过3年的探索，2004年8月搜狐向市场推出了“搜狗”。2005年的张朝阳明确指出：搜狗产品不是第一，但技术是第一。这个第一，也许给了长期在老二地位的搜狐极大的信心，张朝阳甚至对外强调：“这么多年来，搜狐做了很多事，但其实一直只在做一件事情，那就是搜狗引擎的成功开发。”
